Во время войны Кононов действовал на территории Латвии в в составе 1-й Латвийской партизанской бригады, в 1944 году командовал партизанским отрядом. За два года войны Василий Кононов лично уничтожил 14 эшелонов с живой силой и техникой противника, за боевые заслуги был награждён орденом Ленина и медалями.

27 мая 1944 года отряд Кононова убил девятерых жителей латгальской деревни Малые Баты) за то, что те, по мнению Кононова, выдали немцам 12 партизан в феврале того же года. Из девятерых убитых пятеро были расстреляны, а четверо (включая одну женщину) сожжены заживо.

Эту операцию современные латвийские власти расценили как военное преступление, поскольку среди убитых были три женщины, из них одна на 9-м месяце беременности. В 1998 году Кононов был арестован латвийскими властями по обвинению в военных преступлениях, в 2000 году он был приговорен к шести годам лишения свободы за геноцид и преступления против человечности. В 2000 году, после освобождения, Кононову было предоставлено гражданство России, эмигрировать в Россию Кононов отказался.